4.2 作物种植
4.2.1种子和种苗选择
应选择有机种子或种苗。当从市场上无法获得有机种子或种苗时，可以选用未经禁用物质处理过的常规种子或种苗，但应制订获得有机种子和种苗的计划。
应选择适应当地的土壤和气候特点、对病虫害具有抗性的作物种类及品种。在品种的选择中应充分考虑保护作物的遗传多样性。
禁止使用经禁用物质和方法处理的种子和种苗。
条文理解：
作为有机农业后起的中国，严格实施有机种子规定还需要有相当一段时间。许多地方都是新发展有机农业，无法从外界购买到有机种子或种苗；一些作物品种不能自繁，必须购买，而当地没有专门从事有机种子或种苗生产的单位。因此，世界上的一些有机认证机构一再推迟实施全部有机种子种苗规定的时间。尽管如此，标准要求有机生产者要尽力争取使用有机种子和种苗，即使暂时做不到，也必须制定获得有机种子种苗的计划。
在有些地区，用禁用物质处理种子种苗是一种常用的做法，如使用化学物质进行拌种或包衣等，这都是有机标准所禁止的。
4.2.2 作物栽培
应采用作物轮作和间套作等形式以保持区域内的生物多样性，保持土壤肥力。
在一年只能生长一茬作物的地区，允许采用两种作物的轮作。
禁止连续多年在同一地块种植同一种作物，但牧草、水稻及多年生作物除外。
应根据当地情况制定合理的灌溉方式（如滴灌、喷灌、渗灌等）控制土壤水分。
应利用豆科作物、免耕或土地休闲进行土壤肥力的恢复。
合理而持久的轮作可以解决许多我们依靠其他措施无法解决的问题。中国尚处于有机农业发展的初级阶段，真正从实践中体验到轮作好处的从业者尚不多，多数只是把轮作作为获得有机认证的必要前提来做。而发达国家从事有机农业多年的农场，作物轮作已经成为自觉行为，而且他们也确实从作物轮作中获得了土壤培肥、土壤结构改良、病虫草害防治、产量增加、质量提高等多方面的实在利益。
合理的灌溉方法是防止作物病害，节约水源、减少养分流失的十分有效的措施，例如，美国的有机农民在有机草莓种植中采用自动控制的滴灌技术后，显著降低了病害的发生。
4.2.3 土肥管理
应通过回收、再生和补充土壤有机质和养分来补充因作物收获而从土壤带走的有机质和土壤养分。
保证施用足够数量的有机肥以维持和提高土壤的肥力、营养平衡和土壤生物活性。
有机肥应主要源于本农场或有机农场（或畜场）；遇特殊情况（如采用集约耕作方式）或处于有机转换期或证实有特殊的养分需求时，经认证机构许可可以购入一部分农场外的肥料。外购的商品有机肥，应通过有机认证或经认证机构许可。
限制使用人粪尿，必须使用时，应当按照相关要求进行充分腐熟和无害化处理，并不得与作物食用部分接触。禁止在叶菜类、块茎类和块根类作物上施用。
有机农业生产者大多只是凭经验施肥，而且由于多年从事常规种植，没有施用有机肥的经验，更谈不上科学的分析和总结，因此往往会产生土壤养分缺乏或过多的结果。有机农场应该结合自己的经验，再通过农业科技人员的帮助，制定合理的土壤培肥计划，并实施之。欧盟的有机农业标准中有每年每公顷农地施有机肥量不得超过170kg纯氮的规定，就是强调合理施肥。施用商品有机肥只能是在自身肥源不能满足需要的情况下的一种辅助措施，有机农业生产者应当积极开拓自己的有机肥源，如发展养殖业等，促进农场内部养分的循环利用。
未经过充分腐熟的粪便中含有很多对人类健康有危害的物质，施于供人类直接使用的蔬菜上，存在着相当大的潜在危害。没有充分腐熟的粪便中的虫卵也会对作物生长造成危害。
人粪尿在农业上的利用在我国特别是南方相当普及，但由于社会的发展，人粪尿的成分也越来越复杂，因此标准里做出了严格限制。
